Methodological challenges in ancient and forensic DNA analysisImprovements in DNA extraction and genetic characterization from human skeletal remains

Abstract

En els últims 40 anys, els camps de l’ADN antic i forense han experimentat un desenvolupament impressionant dels seus mètodes i procediments. Aquests avenços han estat des de una simple Reacció en Cadena de la Polimerasa (PCR) fins a la Secuenciación Masiva o de Nueva Generación (NGS), reduint els costos i el temps invertit, incrementant la informació genètica obtinguda. L’objectiu és diferent entre les dues disciplines, ADNa i ADN Forense. La genètica forense es centra en la identificació amb fines legals, mentre que l’ADNa té objectius més amplis, com la reconstrucció de la població. De esta forma, los estudios genéticos a partir de restos óseos podrían ser útiles para interpretar nuestro pasado evolutivo a través de la paleogenética o identificar a una persona a través de la genética forense. A pesar dels avances tècnics, la recuperació de l’ADN degradat sigue siendo una tarea difícil a causa de la seva escasez i dany molecular. Per tant, la primera missió a abordar ha de centrar-se en aquest problema: millorar la seva recuperació. La present tesi doctoral contribueix a aquesta àrea de diferents formes metodològiques: 1) comparant la contribució d’ADN de diferents tipus d’elements esquelètics (explorats en el capítol 1), 2) buscant un protocol que maximitzi la recuperació del major nombre de molècules a través de estrategias de genotipado de marcadores STR autosómicos y tipificación de la región de control de mtDNA mediante técnicas convencionales (explorado en el capítulo 1), 3) exploración de la recuperación del genoma humano completo a partir de huesos de recién nacidos comparando la eficiencia de recuperación por categories d’edat i tipus d’esqueleto basat en shot-gun NGS (explorat en el capítol 2), 4) provant l’eficiència d’un nou kit NGS per amplificar la regió de control del mtDNA, típicament utilitzat en investigacions forenses i paleogenéticas (explorat). en el capítol 3), 5) i proporcionant una eina bioinformàtica útil per a analitzar les dades de NGS, mostrant el dany mole cular com una senyal de la recuperació autèntica del veritable ADN endógeno (explorat en el capítol 3). En general, aquesta tesis abarcó comparacions de diferents aspectes que poden afectar la recuperació de la informació genètica i que s’han de tenir en compte si aquest tipus de mostres crítiques s’utilitzen amb fines d’identificació o caracterització de poblacions.