Rendimiento de diferentes métodos y muestras biológicas para el diagnóstico de la infección por sars-cov-2 en el entorno comunitario

Resumen

RESUMEN Objetivo: el método de referencia para el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 es la detección de ARN viral en muestra nasofaríngea mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR). La expansión de la pandemia de Covid-19 hace necesario optimizar los recursos diagnósticos en el entorno comunitario. El objetivo principal de este estudio es evaluar el rendimiento de la muestra de saliva (recogida por distintos métodos) para la detección de SARS-CoV-2 mediante RT-PCR a tiempo real en el entorno comunitario, comparado con RT-PCR de exudado nasofaríngeo. El objetivo secundario es evaluar el rendimiento de la prueba de antígeno (Panbio COVID-19), para la detección del SARS-CoV-2 en el punto de atención al paciente en exudado nasofaríngeo, exudado nasal y saliva, comparándolo con RT-PCR de exudado nasofaríngeo. Métodos: se llevó a cabo un estudio prospectivo que incluyó pacientes ambulatorios que acudieron a 3 centros de Atención Primaria (CAP) y un Servicio de Urgencias, para realizar una prueba PCR para SARS-CoV-2 por síntomas compatibles con la Covid-19 o por ser contacto estrecho de una persona Covid-positiva. En los CAP se tomaron muestras de saliva con distintos métodos de recogida, frotis nasal y dos frotis nasofaríngeos consecutivos. En el punto de atención al paciente se realizó la prueba rápida de antígeno de forma paralela en saliva, muestra nasal y frotis nasofaríngeo. En la saliva restante y el otro frotis nasofaríngeo se realizó la RT-PCR. En Urgencias se tomaron dos frotis nasofaríngeos, uno para el test de antígenos y el otro para RT-PCR. Calculamos la concordancia entre la PCR en saliva y la PCR en muestra nasofaríngea, y la sensibilidad del test de antígeno en las distintas muestras. Resultados: se incluyeron 690 pacientes desde CAP y 223 desde Urgencias. La RT-PCR fue positiva en 196 (21,5%) muestras nasofaríngeas. Para evaluar el rendimiento de la RT-PCR en saliva se analizaron 577 muestras pareadas de saliva e hisopo nasofaríngeo y en 120 (20,8%) se detectó ARN de SARS-CoV-2. La sensibilidad fue mayor en muestras con un valor de umbral de ciclo (Ct) más bajo. El mejor rendimiento se observó para la saliva supervisada, con sensibilidades (IC 95%) del 100% (85,9-100) en individuos sintomáticos, y del 88,9% (50,7-99,4) en individuos asintomáticos con valores de Ct inferiores a 30. Para evaluar la prueba rápida de antígeno en muestra nasofaríngea se incluyeron todos los pacientes. El porcentaje de concordancia positiva (PPA) de la prueba en hisopo nasofaríngeo fue del 60,5%, 95% para pacientes sintomáticos y Ct menor a 25, y 85% para Ct menor a 30. El rendimiento fue dependiente de la edad, con un PPA del 100% en sintomáticos mayores de 50 años con Ct menor a 25. En asintomáticos, el PPA fue del 86% para Ct menor a 25. Para evaluar la prueba de antígeno en saliva y frotis nasal se incluyeron 659 pacientes. La prueba fue positiva en 59 (9%), 28 (4,6%) y 60 (9,1%) de las muestras nasales, saliva y cualquiera de las dos (nasal+saliva), respectivamente. El PPA fue del 44,7% en muestra nasal, 23,1% en saliva y 49,6% en nasal+saliva. El mejor rendimiento se observó para la combinación de muestra nasal+saliva en pacientes con menos de 7 días de síntomas y Ct menor a 25 (PPA del 92%). Conclusión: la saliva es una muestra aceptable para la detección de ARN de SARS-CoV-2 en el entorno comunitario. La saliva recogida bajo supervisión tiene un rendimiento comparable al exudado nasofaríngeo, y puede identificar eficazmente a las personas con mayor riesgo de transmisión en condiciones de la vida real. La prueba de antígeno Panbio COVID-19 realizada en muestra nasofaríngea en el punto de atención al paciente tiene elevada sensibilidad en pacientes sintomáticos con cargas virales altas y de mayor edad, y puede identificar a los pacientes asintomáticos con mayor riesgo de transmisión. La prueba de antígeno en muestra nasal o saliva no es buena opción para el cribado del SARS-CoV-2 por el bajo rendimiento en pacientes asintomáticos.