Diversidad procariótica en sistemas acuáticos costeros basada en secuenciación parcial de ARN ribosomal 16S

Résumé

El estudio de la diversidad microbiana mediante el análisis de secuencias de Arn ribosomal 16S obtenidas directamente a partir de muestras ambientales permite la determinación de las relaciones filogenéticas entre miembros de las comunidades bacteriana en sistemas naturales sin la necesidad de cultivarlos. En esta tesis, se ha aplicado esta metodología para el estudio de tres sistemas acuáticos costeros dos de ellos localizados en Francia (Bahía de Arcachon y Laguna de Prevost) y otro en España (cristalizador de salina solar de Santa Pola). La caracterización y estudio de las dos lagunas francesas mediante la actividad secundaria y los recuentos de bacterias heterotróficas indicaron que la Laguna de Prevost es más eutrófica que la Bahía de Arcachon. El análisis de secuencias parciales de ADNR 16S indicó que la mayoría de los clones, se relacionaron filogenéticamente con los grupos cytophaga/ flexibacter y alfa proteobacteria. La redundancia (número de clones idénticos) fue más alta en la Bahía de Arcachon. En la Bahía de Arcachon se localizaron clones relacionados con grupos filogenéticos nuevos descritos en aguas de océanos abiertos, los cuales también mostraron tener su representación en aguas de lagunas costeras. Se observó una diversidad más alta en la Laguna de Prevost. Los clones se relacionaron con 7 de las divisiones filogenéticas descritas mientras que en Arcachon solo se relacionaron con 5 de ellas. También se aplicó la técnica de recuperación de secuencias de ARNR 16S a partir de muestras ambientales a un cristalizador de una salina solar localizada en Santa Pola, Alicante, donde se encontró una diversidad muy baja. Estas secuencias recuperadas fueron distintas de los géneros de miembros halófilos descritos de archaea, lo cual indico la existencia de un nuevo grupo de microorganismos no descrito, a nivel de género, el cual parece ser abundante en la muestra.