Variabilidad genómica del ecotipo profundo de la bacteria marina alteromonas macleodii

Resumen

La primera parte de la Tesis muestra el estudio genómico de cuatro cepas de A. macleodii aisladas del mismo punto geográfico (a 1000 m de profundidad en el Mar Adriático), junto con 161 fósmidos metagenómicos que provienen de una librería construida a partir de biomasa procedente del mismo muestreo. Se trata de la primera vez que se realiza un estudio de la diversidad genómica de una población natural de esta bacteria marina. Dos de las cepas secuenciadas resultaron ser idénticas, AltDE2 y AltDE3, a la ya descrita previamente, AltDE, y una diferente AltDE1. Las mayores diferencias genómicas se han localizado en lo que hemos denominado ¿islas genómicas¿, que son regiones flexibles y muy variables de los genomas que codifican receptores de superficie celular tales como la cadena-O del lipopolisacárido, o que contienen genes que sugieren diferentes capacidades fisiológicas. Los genes que diferenciaban estos sub-linajes están implicados mayoritariamente en mecanismos de respuesta al ambiente o transportadores, es decir, una especialización ecológica de esa cepa. Los resultados obtenidos indican que la población natural de A. macleodii, dentro de un hábitat aparentemente no estructurado, está formada por múltiples clones con una susceptibilidad diferente a fagos y con capacidades diferentes para la explotación de los recursos. En la segunda parte de este trabajo se han estudiado 9 genomas pertenecientes al ecotipo profundo de la cepa Alteromonas macleodii procedentes del Mar Mediterráneo, Mar Egeo y del Canal de la Mancha. Varias de estas muestras se obtuvieron con un lapso temporal de 5 años y en distinta ubicación. Tras el análisis de las distintas cepas, se ha verificado que constituyen, al menos, 5 linajes clonales (LC) cuya divergencia oscila entre 100 y 30.000 SNPs. Teniendo en consideración el intervalo de tiempo transcurrido en la obtención de dichos aislados, casi 5 años, así como su localización geográfica, los linajes cuyo grado de divergencia está en torno a los 100 SNPs constituyen una demostración de la persistencia de ese LC en la naturaleza. Por otra parte, hemos hallado evidencias de frecuentes eventos de recombinación dentro de los distintos LC, incluso entre los que están más lejanamente relacionados.