Estructura poblacional y epidemiología molecular de legionella pneumophila en la Comunidad Valenciana

Resumen

Se han analizado 270 muestras clínicas y ambientales de L. pneumophila para, tras obtener la secuencia de 9 loci, investigar la diversidad genética y la estructura poblacional de esta especie en la Comunidad Valenciana y compararla con lo que se observa a nivel global. Entre las conclusiones derivadas se encuentran las siguientes: L. pneumophila no presenta una estructuración geográfica ni temporal a nivel global, aunque pueden encontrarse cepas asociadas a un determinado momento en un lugar determinado como las cepas encontradas en las infecciones de Alcoi. Se detecta una posible diferenciación genética en dos de las tres poblaciones genéticas detectadas. No hay evidencias claras de una posible asociación entre determinadas cepas ambientales y el tipo de instalación de la que se aíslan. Se detectan considerables tasas de recombinación, así como evidencias de multitud de fragmentos resultado de recombinación homóloga, al analizar tanto a nivel poblacional como a nivel genómico. La aplicación de los resultados derivados de análisis genético-poblacionales ha permitido incorporar nuevas disciplinas al estudio de la epidemiología de la bacteria en la zona, y con ello obtener nuevos resultados, como son: La mayoría de las infecciones de la ciudad de Alcoi tienen un origen común, al igual que los de poblaciones cercanas como Cocentaina, Ibi o Muro de Alcoi, y diferente al de otros lugares de la Comunidad Valenciana. La cepa causante de estos casos no se encuentra comúnmente encontrada en infecciones de otros lugares de la Comunidad ni en otros lugares del mundo, como sugiere el estudio filogenético en el que se incluyen las cepas de otros trabajos publicados. La cepa causante parece no ser tan común en el ambiente como en las infecciones, ya que no se ha identificado ningún aislado genéticamente indistinguible de los aislados clínicos de esta zona de la Comunidad Valenciana. Las cepas ambientales de la zona más relacionadas con las infecciones son las encontradas mayoritariamente en el año 2001, a pesar de que los brotes duraron desde finales de 1999 hasta 2005. Para cumplir con los objetivos del trabajo se han puesto a punto unas metodologías que nos permiten postular las siguientes conclusiones: La técnica del SBT con los marcadores propuestos por el EGWLI y utilizada en este estudio ofrece un nivel de discriminación adecuado para estudios microevolutivos en L. pneumophila, como demuestran los similares resultados obtenidos con otros marcadores de evolución rápida como son los VNTR, que debido a su alta tasa de homoplasias pueden no ser tan fiables en estudios evolutivos. Los marcadores intergénicos han permitido una mejor resolución a la hora de diferenciar cepas tan homogéneas como las encontradas en las infecciones de la zona de Alcoi. Es más, la inclusión de varios marcadores repartidos por todo el genoma ha permitido estudiar, a lo largo del mismo, fenómenos relevantes en la estructura de las poblaciones como la recombinación. La amplificación y secuenciación de material genético de Legionella directamente de muestras respiratorias, sin necesidad de pasar por cultivo y aislamiento, es un método adecuado para estudios tanto epidemiológicos como evolutivos.